肯尼迪在混乱和不确定的冷战中的这次胜利，自然被用来主导美国的外交政策。军事实力和意志力被神化，而相互迁就的外交策略遭到。在对付那些无法匹敌的方面，这次危机设定了一个强硬态度和冒险对决的标准——因为这种事以前从来没有发生过。肯尼迪在混乱和不确定的冷战中的这次胜利，自然被用来主导美国的外交政策。军事实力和意志力被神化，而相互迁就的外交策略遭到。在对付那些无法匹敌的方面，这次危机设定了一个强硬态度和冒险对决的标准——因为这种事以前从来没有发生过。
当然，虽然美国人一直狂热地反对与敌人，但他们确实过。哈里·杜鲁门总统竟然邀请莫斯科加入“马歇尔计划”。他的国务卿艾奇逊（Acheson）后来表示，只有创造“现实实力”（situations of strength）才能对付人。但这在古巴导弹危机后或多或少地改变了，肯尼迪表现出了强势，使他的继任者们在与敌人打交道时面临更多的压力。
人们认为，在古巴导弹危机中，肯尼迪因毫不并取得胜利，这种理解被公开或无言地落实到了美国的政策思考和辩论中。几十年过去了，现今对伊朗发展核武器或对在阿富汗的角色做出任何让步都会令人担忧。美国领导人不喜欢，1962年10月的这13天中挥之不去的起了很大的作用。
事实上，这场危机并不是以莫斯科的无条件外交退却而结束的，而是双方都做出了让步。苏联从古巴撤出导弹，而作为交换，美国承诺不入侵古巴，并且从土耳其撤走“木星”导弹。出于很明确的原因，肯尼迪的人把“木星”导弹的秘密保守了近二十年，即使在那时也把它描绘成是一件小事。由于一些仍然令人费解的原因，苏联也保持沉默。哈佛大学的格雷厄姆·阿利森（Graham Allison）等学者多年来指出了，但他们的努力在那些讨论如何逼退美国敌人的公共辩论或白宫会议上都没有受到关注。
从一开始，肯尼迪的人就隐瞒了在“木星”问题上的让步。10月27日，肯尼迪的兄弟、美国司法部长罗伯特·肯尼迪在会见苏联大使阿纳托利·多勃雷宁（Anatoly Dobrynin）时就提出了“‘木星’导弹换苏联导弹”的。他对多勃雷宁说：我们会把“木星”导弹撤出来，但这不是协议的一部分，你们永远都不能提及此事。苏联撤出了他们的导弹，美国也撤出了“木星”导弹，这个秘密保守了16年，直到阿瑟·施莱辛格（Arthur Schlesinger）的一本书中有一小段文字评论了此事。
4年后，肯尼迪的几位主要顾问在《时代》周刊上发表文章谈论20世纪的危机，其中承认“木星”导弹是协议的一部分。另外，为了削弱这件事的重要性，他们把“木星”说成是后来添上的东西，说肯尼迪早就想把它从土耳其撤出。之后他们的说法就完全自相矛盾了，他们承认对协议中有关“木星”的部分保守秘密非常重要，以至于泄密“会对美国及其盟友的安全产生爆炸性和性的影响。”
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